省海洋科学研究院首次发表大泷六线鱼染色体水平全基因组序列

　　山东省海洋科学研究院在鱼类基因组研究领域取得重大成果——首次破译大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)染色体水平全基因组序列，并正式对外发布其基因组数据。研究成果以“A Chromosomal-level genome assembly and annotation of fat greenling (Hexagrammos otakii) ”为题，于2025年1月15日发表在Nature旗下科学期刊《Scientific Data》上。

　　大泷六线鱼为冷温性近海底层恋礁性鱼类。主要分布于黄海和渤海沿岸，因其肉质细嫩、味道鲜美，素有“北方石斑”之称，是我国北方特有的名贵海水经济鱼类之一，也是我国北方网箱养殖、渔业增殖和休闲渔业的理想种类，具有广阔的推广前景。

　　省海科院大泷六线鱼团队从2005年开始一直致力于大泷六线鱼的人工繁育工作，在国际上首次突破了大泷六线鱼人工繁育重大技术难关。目前，随着大泷六线鱼产业的快速发展，在生理生化、人工繁育等方面已得到广泛研究，但混合种质背景下个体生长缓慢、免疫缺陷等遗传机制不明，亟需基因组资源支撑良种选育和病害防控研究。但由于其全基因组信息缺失，制约了对其遗传资源的保护与充分利用。

　　本研究采用PacBio和Hi-C技术，在国际上首次获得大泷六线鱼染色体水平高质量参考基因组，基因组大小为682.43 Mb，Contig N50大小为2.39 Mb，Scaffold N50为27.83 Mb。BUSCO评估的基因组完整性为96.99%。总共预测了22334个蛋白质编码基因，其中21619个（96.8%）在各种蛋白质数据库中进行了功能注释。这一基因组的获得在大泷六线鱼遗传资源研究方面迈出重要一步，为大泷六线鱼的保护、繁育及相关产业发展提供坚实的遗传学基础和重要数据。

　　文章第一作者为李莉副研究员，通讯作者为胡发文研究员。该项工作得到了山东省重点研发计划(2019GHY112071)、青岛市科技惠民示范专项项目（24-1-8-xdny-3-nsh）、山东省鱼类产业技术体系首席岗(SDAIT-12-01)、山东省自然科学基金(ZR2021MC089)的支持。全文链接：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04368-3.